ドメインユーザーの各ユーザーは、UID(ユーザー識別子)とSID(セキュリティ識別子)にて判断をしており、違うドメインコントローラーで同じユーザー名を作成した場合など、ユーザー名が同じであっても、UID及びSIDが異なる場合は違うユーザーとみなされてしまいます。

その場合は、ユーザーの再取得を行ったうえで、各共有フォルダへのアクセス権の再設定を行って頂く必要があります。