共有フォルダの削除を行った際に、フォルダ内のデータの削除を行っていない可能性がございます。
下記方法にてデータも含めた共有フォルダの削除が出来ていたかご確認願います。
　
■共有フォルダの削除方法
https://www.forcemedia.co.jp/support/qa/qnap/006512.html
　
一度削除した共有フォルダの再作成方法は以下をご確認願います。　
■共有フォルダを誤って削除してしまった、データの復元が可能か
https://www.forcemedia.co.jp/support/qa/qnap/006520.html
　
尚、こちらの方法で、適切な削除を行ったものの、空き容量が増えない場合、合わせて以下手順もご確認願います。
■実際はHDDの空き容量があるが容量不足の警告が出ている
https://www.forcemedia.co.jp/support/qa/qnap/001546.html