ファームウェア3.6.0以前にLDAPやActive Directoryなどのディレクトリサービスに参加した場合、RTRR（リアルタイムリモートレプリケーション）のバックアップで「ACLと拡張属性の複製」にチェックを入れていても、複数のNASで管理されているユーザーID、グループIDが一意に決まらず、ユーザーやグループを取り違えてアクセス権がバックアップされてしまいます。その場合はNASのデータを一旦全て退避させた上で初期セットアップをやり直し、ファームウェア3.6.0以上に適用させた状態で改めて設定して下さい。

バックアップについてはこちらをご参考願います。